Les préfectures ont été créées par Bonaparte le 28 pluviôse an VIII (17 février 1800) pour administrer les départements.
A sa tête, le préfet, haut fonctionnaire à la discrétion du gouvernement, est chargé de l'administration du département et est assisté pour chaque arrondissement d'un sous-préfet.
Relais essentiel du régime, il est chargé de la vie quotidienne de ses administrés et est assisté dans ce rôle par le secrétaire général et les sous-préfets d'arrondissement. Les missions des préfets varient tout au long du XIXe siècle en fonction des régimes, portant tour à tour sur le maintien de l'ordre, le développement économique et la lutte contre la misère. Les préfets en poste à l'instauration de l'État français sont les mêmes qui ont défendu les libertés publiques prônées par la IIIe République.
La seconde guerre mondiale a rendu son rôle plus complexe, surtout dans un département comme celui de Lot-et-Garonne situé, un temps, en zone libre. S'ajoute à la marche habituelle des services préfectoraux l'organisation de services tels que la surveillance des communications, des personnes, des moyens de transport, la défense passive, le ravitaillement, le service des réfugiés...tous nécessaires à l'organisation d'un département en temps de guerre.
A partir de juillet 1940 la mise en place de l'État français entraîna une reprise en main de l'administration centrale et donc des préfectures. Leur organisation et leur fonctionnement s'en trouvèrent fortement modifiés dès l'automne 1940. La loi du 23 décembre de la même année sur les pouvoirs des préfets insista sur la subordination de tous les services vis à vis d'eux ; ce lien hiérarchique réaffirmé renforça considérablement l'autorité préfectorale dans le département. Dans ce contexte de concentration des pouvoirs, le gouvernement de Vichy mit l'accent sur le rôle du chef de cabinet, appui indispensable du préfet face à l'accroissement de ses attributions. Il devint essentiel que ces hommes, intermédiaires directs entre le préfet et les différents services de la préfecture, fassent preuve d'un dévouement absolu et adhèrent totalement aux choix idéologiques du régime. Les attributions du cabinet étaient les suivantes : direction générale de tous les services, personnel, informations, police générale, rapports avec la presse, affaires confidentielles ou secrètes, courrier réservé, liaisons avec l'autorité militaire.
Un autre élément fondamental du cabinet est le secrétariat particulier du préfet qui assure l'organisation de son emploi du temps. Enfin un certain nombre d'agents ou de cellules parachève cet organigramme.
En période de guerre toutes les fonctions du cabinet revêtent une haute importance, justifiant leur instruction par le préfet.

Le Lot-et-Garonne a connu six préfets de l'entrée en guerre à la victoire finale :

Jean Cumenge novembre 1937 - septembre 1940
Né à Castres (Tarn) le 22 novembre 1881. Docteur en droit en 1907, il est avocat à la cour d'appel de Bordeaux de 1901 à 1906. Attaché au cabinet du préfet de la Gironde en 1906, il devient préfet des Hautes-Pyrénées le 22 juillet 1907, préfet des Basses-Pyrénées le 1er juillet 1909. Alternant les postes de sous-préfet et de préfet, il termine sa carrière en Lot-et-Garonne le 5 septembre 1940. Il meurt le 29 mars 1961 à Saint-Pierre-de-Lages (Haute-Garonne)

Jean-René Heureudé septembre 1940 - janvier 1941
Né à Coudras (Gironde) le 18 mai 1893, Jean René Heureudé fut agent technique (1912) puis ingénieur (1915) au service vicinal de Dordogne. Attaché au cabinet du ministre de l'instruction publique (1926), il devint chef du secrétariat particulier du ministre Camille Chautemps. Sous-préfet de Montmorillon (1928), de Saint-Jean de Maurienne (1929), de Rochechouart (1931), rattaché à la préfecture de Seine-et-Oise (1932), Jean René Heureudé devint successivement chef de cabinet du ministre de l'agriculture, de la justice, du budget (A. Gardey, son beau-frère). Secrétaire général de l'Eure (1934), des Basses-Pyrénées (1935), il fut ensuite préfet des Hautes-Alpes (1938), de la Creuse (1939) et de Lot-et-Garonne (septembre 1940). Il fut admis à la retraite en mai 1941.

Henri, Jean Destarac janvier 1941 - janvier 1944
Né à Fleurance (Gers) le 26 novembre 1883. Docteur en droit, il est avocat à la cour d'appel de Toulouse (1919). Secrétaire général de l'Orne (1923), il est détaché en qualité de directeur de cabinet du préfet d'Oran (1925). A la disposition du préfet de l'Hérault puis de celui de la Seine-Inférieure, détaché en qualité de chef de cabinet (1929-1931), il devient sous-préfet de Montbrison (1932). Secrétaire général de la Loire en 1934, il est préfet de l'Aveyron en 1939 et préfet de Lot-et-Garonne en janvier 1941. Il coordonne dans le département les grandes rafles antisémites d'août 1942. Suite à l'évasion de cinquante-quatre détenus de la maison centrale d'Eysses il est relevé de ses fonctions par Joseph Darnand le 10 janvier 1944.

Louis, François Tuaillon février - juin 1944
Né à Valay (Haute-Saône) le 11 mai 1904.Ingénieur textile, puis docteur en droit, il débuta dans l'administration préfectorale à l'âge de 24 ans comme chef de cabinet du préfet de la Haute-Saône. Après avoir occupé les mêmes fonctions dans plusieurs préfectures, il fut nommé directeur de cabinet en Seine-inférieure puis sous-préfet de Neuf-Château. En 1942 il fut nommé secrétaire général à Versailles, puis en 1943 préfet délégué des Bouches-du-Rhône, sans interrompre ses contacts avec la résistance à laquelle il appartenait depuis l'hiver 1940-1941.Dès sa nomination le 6 février en tant que préfet de Lot-et-Garonne, il entame une lutte ouverte avec les autorité d'occupation et la milice. Il s'oppose avec une telle énergie aux exactions de celle-ci qu'il est arrêté par la Gestapo d'Agen le 9 juin 1944. Détenu à la prison Saint-Michel de Toulouse puis à Compiègne, il est déporté à Neuengamme, puis est transféré à la forteresse de Therezin. Revenu en France, il est nommé préfet de Moselle. Il meurt le 31 mars 1947.